中心采取校-部-中心三级管理体制。学校管理主要体现在政策支持、岗位聘任、项目审批和经费保障上；学部主要进行制度建设、设备及人员管理；中心采用主任负责制，教学指导委员会指导实践教学和监督日常运行。

中心的建制、组织运行等都依据《高等学校消防安全管理规定》、《江西理工大学实验中心管理条例》、《江西理工大学实验室工作条例》、《关于加强仪器设备与实验室管理的意见》、《江西理工大学仪器设备管理暂行办法》、《江西理工大学大型精密贵重仪器设备管理暂行办法》、《江西理工大学大型仪器设备共享实施办法（试行）》、《江西理工大学大型仪器设备分析测试基金管理办法（试行）》。学部根据实际情况制定了《材料冶金化学学部危险化学品管理办法（试行）》、《材料冶金化学学部实验室废弃物安全管理办法（试行）》、《材料冶金化学学部实验室安全管理办法（试行）》、《材料冶金化学学部大型仪器设备共享服务管理办法（试行）》、《材料冶金化学学部大型仪器设备共享服务管理办法（试行）》等相关管理办法。中心依据政策要求建立了从学校到学部到教师再到学生的四级安全责任管理体系制度。

中心通过完善管理体制，实现了从顶层设计上使教学资源融合，打破专业壁垒，提高了学科之间的设备利用水平，并实现了实验室功能最大程度的开放，降低了运行费用，提高了业务和管理水平，促进了专业、学科的协调发展。